De seguro alguna vez descargaste un archivo con extensión .BIN, que cuando haces click no se ejecuta. El Adobe flash o  Google Earth son ejemplos de esta extensión.

Hay varias formas, pero las más fácil y la que siempre funciona (bajo Ubuntu 10.04) es la siguiente:

1. Colocar el archivo .BIN en el escritorio
2. Abrir una Terminal (Aplicaciones > Accesorios)
3. Arrastrar el archivo hacia dentro de la ventana de la Terminal
4. Presionar Enter

Y listo, ya tendría que ejecutarse.